1963年11月，聊城专区为加强干部保健工作，批准筹建聊城专区干部疗养院，隶属于专区卫生局领导。位于聊城新区花园南路北首。

　　1964年7月，医院正式开诊，人员编制32人、病房两个、床位五十张。主要担负全区老干部的治病、疗养任务。

　　1966年4月，床位达70张，职工人数增至45人。

　　1968年，医院在卫育路北首(现院址)征地35亩，建平房4000平方米。同年，医院迁入新址(原院址移交医疗器械厂)，建立了两个内科病房。

　　1973年11月，医院更名为“聊城地区新医医院”。

　　1976年3月，医院组建了神经内科。

　　1978年，聊城地委批准医院列为县级事业单位，干部疗养病床由30张扩大到60张，医院开放床位增至100张，职工人数增至92人。

　　1982年，医院恢复原名为“聊城地区干部疗养院”，床位增至120张，职工人数增至138人。

　　1985年10月，医院院名改为“聊城地区东昌医院”。

　　1995年底，病房增加到6个，床位增至210张。职工人数增至216人，特色专科(心脑血管病)优势日趋明显。

　　1998年10月19日，医院正式更名为“聊城市第三人民医院”。

　　1978年至1998年，近二十年间，医院先后建起3582平方米的门诊楼、3879平方米的病房楼、1083平方米的服务楼和2968.9平方米的宿舍楼，组建了心内科、妇产科、外科及手术室、分娩室，购置了万元以上医疗设备40多台件，院容有了很大改观，住院条件明显改善，并且先后成立了“聊城地区心脑血管病防治研究所”“聊城地区股骨头坏死防治研究所”“聊城地区颈肩腰腿痛防治研究所”。

　　2020年1月8日，医院以优异成绩通过了三级医院现场评审，5月19日，山东省卫健委正式确定医院为三级乙等综合医院，标志着医院发展迈上新台阶!是年，医院顺利通过中国心衰中心认证，成为聊城市首家标准版心衰中心认证单位。

　　2023年，医院拥有干部职工1200余人，其中高级专业技术人员244人，博士、硕士179人。开放床位850张。